In 1981 is het Binnengasthuisterrein overgegaan naar de Universiteit van Amsterdam (UvA), dat de voormalige ziekenhuisgebouwen in gebruik nam als onderwijsgebouwen. Rond de eeuwwisseling ontstond daarbij het idee om de bestaande bibliotheken aan de Spuistraat en het Singel samen te voegen op het Binnengasthuisterrein. De prijsvraag die hiervoor werd uitgeschreven werd in 2002 gewonnen door Cruz y Ortiz Arquitectos, dat destijds ook aan de renovatie van het Rijksmuseum werkte. In hun plan zou een derde van de bestaande bebouwing behouden blijven en de rest worden vervangen door nieuwbouw. Op die manier zouden grote, open vloeren gerealiseerd kunnen worden.
Het plan om enkele gebouwen te slopen, stuitte echter op veel weerstand. Na bijna tien jaar discussie sneuvelde dit plan in 2011 voor de rechter, die oordeelde de universiteit onvoldoende grond had voor de sloop van de gebouwen. De bibliotheek zou volgens de rechter ook binnen de bestaande gebouwen gerealiseerd kunnen worden.
Daarop is een aanbesteding uitgeschreven die in 2013 gewonnen werd door MVSA Architects en Buro van Stigt, waarbij het eerste bureau zich met name richtte op het overkappen van de binnenplaats en het tweede bureau zich vooral richtte op de renovatie van de bestaande gebouwen. In 2015 won MVSA Architects ook de tender voor het ontwerp voor het interieur van de bibliotheek. Nu tien jaar later is de bibliotheek in zijn geheel klaar.